プログラム：eclipse pluginとか

JSPのデバッグをeclipseで行う
WTP
http://www.eclipse.org/webtools/main.html

WTPには以下のpluginが必要
GEF
http://download.eclipse.org/tools/gef/downloads/drops/R-3.0.1-200408311615/index.php
EMF/XSD/SDO
http://download.eclipse.org/tools/emf/scripts/downloads-viewer.php?s=2.0.1/R200409171617
JEM
http://download.eclipse.org/tools/ve/downloads/drops/R-1.0.2-200412091401/index.html

以下のPDFを参考に環境構築
WTP使うには
http://www.bbreak.co.jp/technique/doc/eclipse/EclipseWTP.pdf

実際のデバッグについては、現状Tomcatプロジェクトで作業しているため、テストしていない。
エディタでJSPを少し開いて見た感じだと、外部ファイルから参照している変数の名前解決とかが弱そう。